本动画的主人公是佐藤良太以及他的小伙伴们，故事围绕着五年级小学生看似纯真无邪又充满成人式幽默的日常生活展开。
　　良太是个元气十足的男孩子，他爱玩爱闹，最好的朋友是今井浩二和河合翼。在5年2班里，每天都热热闹闹，偷看A书，议论女生，好动而早熟的男孩子们遇上什么事都要大惊小怪 一番。与男孩们的好动不同，千佳、有纪这些女孩们显得更加早熟文静，常常对男孩们的幼稚举动感到无语，但在很多时候，女孩们也会在意男孩们的话题……
　　热血少年、天然呆、眼镜娘、冰山脸，不同于普通的小学班级，5年2班里有着个性迥异的少男少女，他们上演了一出又一出让人心跳不已的好戏……

新世历179年，一艘来历不明的巨大物体冲入地球，坠落在南亚得里亚岛。人类在被这一从天而降的怪物吓得惊魂未定之时，以比安.佐尔达克博士为首，科学家们对这一天外来客进行了调查。调查结果表明，此战舰是外宇宙文明所开发出来的战舰，而且令科学家们感到惊恐的是，此战舰中的高科技表明外宇宙科技比地球目前的科技要先进许多。这也证实了比安博士之前就提出过的存在准备向地球进攻的外宇宙文明的假想，地球已经危在旦夕了。在危机一步步逼近的情况下，一部分科学家对于外宇宙的高科技已经恐惧到了极点，许多人提出了逃离地球、移居其它星球的提议，而地球联邦政府的高官们并未意识到此事件的严重性，一方面极力隐瞒巨型战舰坠落的真相，一方面仍然一如继往地过着腐败不堪的生活。在此危急之时，比安博士提出“人类无处可逃”，主张积极地发展军事与科技，全面准备抵抗异星人的入侵。为此以比安博士为首，科学家们加紧对战舰中的EOT技术进行解析与调查；而联邦军中的积极派也开始行动。新世历183年1月，比安博士在南亚得里亚岛的EOT研究机构创建DC组织，并进行对异星人用新机体的研制与开发。新世历185年6月，联邦军极东支部在DC、玛奥军工厂及迪斯拉.雷希研究所的协力下，开始SRX计划。

　　福蘭克林的阿姨-露西在這個夏天突然回到家鄉，露西阿姨是個探險家，最擅長尋找消失已久的寶物。
　　某天，到露西阿姨家玩的福蘭克林得到一張奶奶小時候畫的藏寶圖，但露西阿姨卻說她怎麼找都找不到奶奶埋的寶藏，這讓福蘭克林產生很大的興趣。好奇的他將藏寶圖帶回家給奶奶看，也因此喚起了奶奶的記憶，想起小時候曾經在烏龜湖畔埋下的神祕盒子，卻也因此生了一場大病。
　　為了讓生病的老奶奶能夠快點好起來，福蘭克林和他的朋友們在露西阿姨的陪伴下，踏上一場尋寶之旅，前往烏龜湖尋找記憶中的神秘寶盒。
　　這場尋寶旅程同行的伙伴除了福蘭克林的好朋友-熊熊、蝸牛及海狸之外，連露西阿姨驕縱的乾女兒-莎曼珊也跟來了，她的個性既任性又愛搗蛋，一路上給大家增添很多麻煩，也使得福蘭克林和朋友們之間的氣氛越來越僵，為了讓大家能夠同心協力的找到奶奶的盒子，福蘭克林運用他的智慧及交際能力，努力維持路途中和平的氣氛，小烏龜有辦法找到奶奶的寶盒嗎？他與他的夥伴之間又會發生什麼意想不到事情呢？
　　這是一部具有教育意義的優良影片，每段精彩的故事，劇情都圍繞在孩子們最關切的家庭、學校及友誼等話題，就像發生在生活周遭，完全貼切小朋友的日常生活。
　　劇中的福蘭克林一點也不完美，就像一般人一樣，會犯錯、會害怕，也有個性上的缺點。每當他做錯事時，他的父母會以堅決的態度來告訴他是非對錯，明白指出有些行為是不允許的，而福蘭克林也總會敞開心胸，認真與父母溝通，並負責將事情做好，解決所遇到的麻煩。
　　小烏龜福蘭克林正向的教育意義也讓喜歡他的小朋友們，跟著福蘭克林的腳步，學會尊重別人、改正錯誤，也能認識生活環境，學習面對困難，他不僅是小朋友們最好的朋友，也成為孩子們日常生活中的最佳模範。

　　鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。
　　鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。
　　此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。

《薔薇少女 ～序曲～》作为TV动画的特別篇于2006年12月22、23日深夜播出，主角是水銀燈和真红，介绍两人从最初相遇到反目成仇的过程。共前、後兩篇。