影片故事讲述主人公在同一个城市的三个时代、三个季节、三个夜晚中所经历的事件。

　　腿有残障的科学家桥本良晴（江口洋介）率领科学小组（大S、陈柏霖等）发明“孟结海绵”，捕获囚禁了一个十三岁男孩的鬼魂，为了查出该男孩的死因，以便自己死后也能变成类似的鬼，桥本良晴找来有超常能力的探员叶起东（张震），令其跟踪被放出去的男孩。最终，叶起东发现男孩是被他的亲生母亲杀害。
　　其后，叶起东从男孩的双眼间看到一条细丝，它似乎连接着某种神秘的力量。科学小组成员因为害怕男孩伤害他们，再次将他隔绝拘禁，不想因此扰动了细丝的另一端，更为恐怖凶残的力量被释放出，小组人员先后一一离奇死亡，叶起东与女友（林嘉欣）也受到该力量的追踪。

　　这是一个存在超级英雄的城市。
　　在孤儿院，义智（柯震东 饰）遇见了心心姐姐（林依晨 饰）。只要义智想她，她就会打喷嚏。
　　长大的义智，为了爱，他要变成最勇敢的男人！他意外成为拳击场上的“不倒侠”，意外出现超人情敌，音波侠（张晓龙 饰）；当心心陷入危急，他终于明白自己存在的意义。他永远不能成为超级英雄，但他永远是心心姐姐的专属超人。

　　《代号193》中将某人意识透过实验阶段的科技上传给另一人的“意识上传”，是寻找答案的关键。因角色可以进入大脑意识推动故事发展，萧力修修改剧本时研究大量心理学、多重人格的资料，并厘清片中“意识上传”的逻辑与叙事方法。
　　电影里不同人的意识被上传到杨祐宁的身体里，因此他得扮演不同人的样貌。萧力修解释，“这比一个角色扮演多重人格分裂更复杂，因为还得要了解他接收到的意识来自怎样性格的人，让观众知道他已变成另一个角色。”
　　女主角张榕容扮演个性坚强的脑科学博士，并有一个7岁的小孩。