上篇中，夜神月（藤原龙也 饰）设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L（松山健一 饰）对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。
 与死神硫克个性迥异的死神雷姆把另外一本“死亡笔记”扔到人间，得到它的是极度崇拜“基拉”的少女弥海砂（户田惠梨香 饰），她还以一半性命为代价得到了夜神月所没有的死神之眼。并主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。聪明的L先发制人，将弥海砂关进了基拉对策室，夜神月为了救弥海砂，也为了自保，想到了一个绝妙的办法。
 同时，因为跟踪报道“基拉”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美（片濑那奈 饰）追踪基拉的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名基拉出现了......
 两个死神，两本“死亡笔记”，三个基拉，一切扑朔迷离；两个算无遗漏的天才，谁最终能够洞悉事实的真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字？

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　　20世纪末，一种神秘病毒在世界蔓延，感染者莫不血尽身亡。
　　热爱摇滚乐的远藤贤知（唐泽寿明 饰）经历过叛逆时期，如今年奔三十的他窝在家乡大阪经营一家连锁超市，上层负责人责骂，母亲聒噪，姐姐的孩子神乃哭泣，贤知小心应付，手忙脚乱。在小学同学聚会上，贤知重逢当年好友义常（香川照之 饰）、青蛙仔（宮迫博之 饰）、丸夫（石塚英彦 饰）、福平（佐佐木藏之介）、阿门（宇梶剛士 饰）等人。从他们口中得知，如今社会上正时兴一个神秘的宗教组织，组织领袖自称“朋友”，而近期发生的一些列恐怖事件皆来自贤知众人童年时杜撰的一本“预言之书”。
　　不久，童年时的好友当机（生濑胜久 饰）自杀身亡，他在死前几天曾寄给贤知一封信，信中提到秘密基地的标志。为弄清真相，贤知和朋友们挖出当年埋在树下的铁盒，找出那本“预言之书”。他们发现，儿时胡编乱造写下的情节正在一一应验。那位“朋友”似乎就是当年这群孩子中的一员，而他的目的究竟是什么呢？
　　（影片简介中涉及的人名均以原著漫画中文版翻译为准）