复仇者联盟以及随后影响深远的纽约之战，让外星人和超能力者不再是坊间传说的秘密。纽约之战过后，世界格局即将重新洗牌，野心家们则蠢蠢欲动，神盾局面临前所未有的挑战。在此危急关头，一度传闻死于纽约的特工菲尔·科尔森探员（克拉克·格雷格 Clark Gregg 饰）“复活”，吸纳了身怀绝技的格兰特•沃德（布雷特·道顿 Brett Dalton 饰）、梅琳达·梅（温明娜 Ming-Na Wen 饰）、莱奥·菲兹（伊恩·德·卡兹泰克 Iain De Caestecker 饰）、盖玛·西蒙斯（伊丽莎白·亨斯屈奇 Elizabeth Henstridge 饰）以及来自黑客构成的民间团体涨潮组织的斯凯（科洛·本内特 Chloe Bennet 饰）加入进来。
　　他们以一己凡人之力，投入到各种匪夷所思且疑云重重的危险事件的调查中去……

　　故事讲述一名精明能干的FBI特工Audrey Parker (Emily Rose 扮演)因执行公差来到缅因州(美国东北角的州)一所名为“Haven”的小镇上，来到小镇不久自己惊奇发现这个小镇被一种神秘的力量保护着使得这里人们把这里当成避难所并且他们也受到一种超自然力量 的影响，当又惊奇的发现当地的市民用一种类似睡眠的能力来传递信息后......

　　和上一季相同，本季的《黑镜》也由3个故事组成，向观众展现了一个残酷而又现实的未来世界。
　　《马上回来》：一次车祸夺走了玛莎（海莉·阿特维尔 Hayley Atwell 饰）的男友艾什（多姆纳尔·格利森 Domhnall Gleeson 饰）的生命。在朋友的推荐下，玛莎利用艾什在社交网络上留下的信息塑造了一个具有人工智能的假艾什。刚开始玛莎只能通过手机听到合成的艾什的声音，不久之后，那个声音告诉玛莎，有一个方法可以让艾什“真正”的回到她的身边。
　　《白熊》：托尼（勒诺拉·克里奇洛 Lenora Crichlow 饰）从昏迷中醒来，发现自己在一间陌生的房间里并且失去了记忆。在她昏迷的这段时间中，世界显然发生了翻天覆地的变化，街道上充斥着无情的看客，而她竟然成为了杀人狂追杀的猎物。
　　《沃尔多一刻》：沃尔多是一只虚拟的蓝熊，出现在深夜的喜剧节目中，而站在它背后的，是配音演员杰米（丹尼尔·里格比 Daniel Rigby 饰）。沃尔多极高的人气让节目组产生了以它的形象参加国会竞选，而杰米发现自己逐渐变成了被操控的傀儡。

　　故事发生在一个名为切斯特磨坊的小镇上，一个从天而降且不可摧毁的“穹顶”断绝了小镇和外界的一切联系，同时也终结了小镇维持多年的平静假象。很快，小镇居民们便看清了他们如今已成“瓮中之鳖”的现实，而随着资源的不断消耗，混乱不可避免的发生了。在老警长意外去世后，维持小镇治安的重 担落到了年轻的副警长琳达（娜塔丽·马丁内兹 Natalie Martinez 饰）肩上，而议员大吉姆（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰）则从中看到了成为“统治者”的大好机会。
　　一些奇怪的症状出现在了磨坊镇的四个孩子们的身上，在树林里，他们发现了一个小型的穹顶并且成为了它的保护者，因为穹顶似乎在向他们传达某一些讯息。当犯罪和危险的气息在小镇上渐渐弥漫开来之时，越来越多的迹象显示，穹顶选择磨坊镇，这并不是一个巧合。

　　故事紧接上一季结尾，Kiera阻止了Liber8组织发动的恐怖袭击，但事情却远不止这么简单。当本季开始之时，市长被大胆的刺客刺杀，已经消失了一段时间的Kiera不得不再次出现，与Carlos联手调查这起案件。与此同时，Kiera尝试与Alec重新取得联系并缓解他们之间的紧张关系，但是Alec在读过未来自己所留的信息之后已经完全变了一个人。

　　第三季故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后。在此期间，查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，Tom Mason被推选为政治领袖（相当于总统）。但他大多数时间不是待在办公室里处理政务，还是率领军队顽强抵抗外星入侵者的一次次进攻。与前任Manchester博士比起来，Tom在对待外星人的态度上更具侵略性也更主动。查尔斯顿政府与起义的「突击者」形成了不太牢靠的联盟关系，Tom让「突击者」起义军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引发了一些人类的不满，两个种族的关系持续紧张。「突击者」起义军在战斗前总是将脸上涂满红黄相间的条纹，以纪念在第二季结尾英勇牺牲的领袖「红眼」。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿政府与「突击者」起义军之间的联络人。无论人类还是「突击者」都明白，他们即便联手也很难打败强大的敌人——此前被第二独立团戏称为「鱼头」的外星种族Espheni。虽然他们的君王已死，但另一个更强大、更邪恶的君王刚刚继承了统治权。更糟糕的是，一个全新的外星种族在双方激战正酣时抵达地球并迅速投身战场。

乌托邦实验是一本神秘的传奇绘图小说，但是一群之前从无任何联系的人却发现自己拥有了这本小说的原稿，于是他们的生活突然因此一团乱。他们不断遭受神秘杀手组织 The Network 的追杀，于是这群受惊的...

当沃坦星毁灭之后，由七个种族组成的沃坦人来到地球寻求帮助，希望能在这里安家。地球政府与沃坦人展开了大约六年的谈判，最终拒绝了他们的要求。沃坦人不愿离去，战争随即爆发。战争持续了九年，交战的双方都无法消...

史蒂芬（罗比·阿梅尔 Robbie Amell 饰）本是一介平凡的少年，一次偶然中，他的脑海里传了一个神秘的声音。无法用科学来解释的怪异现象接连地在史蒂芬的身上发生了，史蒂芬发现自己竟然掌握了瞬间移动...