乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。不平凡的开端，艾丽卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？

　　故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。
　　梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..

　　新世纪之初不久某年的夏天，为了与父亲生活，逢泽步来到了距东京2小时火车车程的小镇。
　　步是不去上学的中学生。原因不明。似乎和什么样的理由都沾一点边，但又不是那种理由。觉得无论走到哪、无论做什么都无聊的步，来和父亲度过一个夏天，是因为母亲出的主意。双亲在他还小的时候离婚了，他和父亲也4年没有见面了。步并非积极地响应母亲的提案。对毫无朝气的步，妈妈提出要以买个山地自行车为交换条件，让他去和父亲见面。既然话都这么说了，步也不得不打起点精神。
　　这样步终于到了那个小镇。母亲说步小时曾来过一次，但他一点印象也没有。田菜——在围绕着广阔的水田的山的斜面的，似乎被农家钉子一样点缀着的小盆地。在看见这景象的瞬间，步就后悔来到这里了。因为无论从什么角度怎么看都是不变的田舍，实在是寒酸得要死。
　　然而，这么想可就大错特错了....

“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……